Die Anfänge der Klosterkirche reichen bis ungefähr ins Jahr 1400 zurück. 1393 vermachte Herzog Albrecht von Bayern, Graf von Holland, Seeland und Hennegau, das Gelände der heutigen Kirche dem Amsterdamer St. Andriesklooster mit dem Auftrag, dort eine neue Klosteranlage zu errichten. Die neuen Eigentümer aber verkauften den Baugrund im darauf folgenden Jahr dem Herren von Arkel, der dort eine Stadtburg erbauen ließ. Ursprünglich befanden sich in der direkten Umgebung eine ganze Reihe von Burgen, von denen zum Ende des 14. Jahrhunderts allerdings nur noch Ruinen standen. 1401 überwirft sich Albrecht von Bayern mit dem Herren von Arkel und lässt seine Besitztümer, darunter auch dessen Burg, beschlagnahmen. Die Burg wird abgerissen und das Grundstück den Dominikanermönchen in Utrecht zugewiesen, die den Nutzungswünschen des Grafen gern entsprechen und darauf ein Kloster errichten. Bei der Zuweisung spielten die engen freundschaftlichen Bande, die die Gemahlin Albrechts – Margarete von Kleve – mit dem Bettelorden unterhielt, eine wichtige Rolle. Sie wurde später in der Klosterkirche beigesetzt.
1420 wird das Kloster von einem verheerenden Brand heimgesucht, der große Teile der Anlage in Schutt und Asche legt. Dass es sich um ein mächtiges Bauwerk gehandelt haben muss, geht allein schon aus der Tatsache hervor, dass die Staaten von Holland (die Ständeversammlung der Provinz Holland) dort über mehrere Jahrzehnte ihre Verwaltung untergebracht hatten. Die Kirche war damals aber wesentlich kleiner als heute. Erst um 1540, rund 140 Jahre nach ihrer Errichtung, wurde sie zur vollen Größe ausgebaut.

Kloster und Kirche wurden bis zum Ende de 16. Jahrhunderts intensiv genutzt. Mit dem Einsetzen der Reformation brachen für die Mönche schwere Zeiten an. Nach dem Bildersturm vom 25. August 1566, bei dem es zu umfangreichen Zerstörungen und Plünderungen kam, mussten die Mönche die Flucht ergreifen. Einige Jahre wurde das Gebäude noch von einer kleinen Gruppe von Ordensbrüdern bewohnt, bis auch diese 1574 endgültig das Kloster verließen. Inzwischen waren niederländische Freiheitskämpfer – die Geusen – in die Stadt eingezogen.

1576 vermieten die Staaten von Holland das Kloster dem Magistrat von Den Haag, behielten jedoch die Eigentumsrechte. Letzterer stellte die Räumlichkeiten einem Hospital, dem St. Nicolaas Gasthuis, zur Verfügung. 1583 wird die Klosteranlage in weiten Teilen abgerissen, lediglich die Kirche bleibt erhalten. In den darauf folgenden 12 Jahren steht die Kirche leer und gerät stark in Verfall. Man trägt sich sogar mit dem Gedanken, sie niederzureißen, was aber durch ein Schreiben des Magistrats in letzter Minute verhindert werden kann. 1588 wird dort vorübergehend eine Reiterkompanie einquartiert; der ehemalige Sakralbau verkommt zum Pferdestall. Weiterer Zweckentfremdung fallen Kirche und Chor 1589 anheim, als dort eine Waffenschmiede für die Staaten von Holland und Westfriesland eingerichtet wird. Der Chor dient jetzt als Geschützgießerei, die Kirche als Pulvermagazin. Beide Räume werden durch eine Mauer getrennt. Das Portal rechts von der Kirche, das damals Zugang zur Gießerei gewährte, hat sich bis zum heutigen Tag erhalten. Erst im Jahr 1665 wurde am Rand von Den Haag ein eigenes Geschützhaus errichtet. Am 3. November 1690 richtet eine Explosion im Munitionsdepot der Kirche verheerende Schäden an. Von dem ursprünglichen Komplex bleibt nur eine alte Klostermauer stehen. Diese ist ebenfalls erhalten und heute in den angrenzenden neuen Gebäudetrakt des Rechnungshofs integriert. Nach der erfolgreichen Belagerung durch eine Gruppe von Gegenremonstranten wird ein Teil des Gebäudes von 1617 an wieder als Kirchenraum genutzt. 1625 findet hier die Vermählung von Prinz Friedrich Heinrich und Amalia von Solms statt. Nach seiner Krönung zum König von England besucht auch Prinz Wilhelm III. 1691 die Klosterkirche. Um 1800 herum war das Gotteshaus erneut Schauplatz eines historischen Ereignisses: Als die französische Armee in Den Haag einmarschiert, wird hier das Komitee einberufen, das die nach England geflohene Familie des Statthalters vertreten soll.

Ab dem 17. Jahrhundert fungierte die Klosterkirche auch wieder als Grablege – eine wichtige Einahmequelle der Kirche, ebenso wie die Wappenschilde der Adligen, die in großer Zahl an den Wänden und Säulen hingen. Als Krypta diente vor allem der Chor. Dort wurden auch bleierne Särge mit einbalsamierten Leichnamen zu Tage gefördert, unter ihnen wahrscheinlich auch die Stifterin des Klosters – Margarete von Kleve.

Im Alter von 16 Jahren nahm Königin Wilhelmina 1896 hier erstmals am kirchlichen Abendmahl teil, nachdem sie am Tag zuvor im Palais Noordeinde konfirmiert und offiziell als Mitglied der Kirchengemeinde bestätigt worden war.

Mit dem Ende des Zweiten Weltkriegs brach eine neue Phase in der Geschichte der Klosterkirche an. Die Kirchengemeinde Duinoord (Scheveningen) suchte dringend ein neues Gotteshaus, nachdem ihre eigene Kirche auf Anordnung der deutschen Besatzer abgerissen worden war. Da an einen Wiederaufbau nicht zu denken war, siedelte die Gemeinde in die Klosterkirche über. Von 1952 bis 1957 wurde das Gebäude von Grund auf saniert und große Teile der Innenausstattung der ehemaligen Duinoordkirche wurden in die Klosterkirche überführt. Die kunstvoll gestaltete Kanzel aus dem späten 17. Jahrhundert, der Altar und sogar das monumentale Mosaik fanden so eine neue Bestimmung. 1957 wurde die Mauer zwischen der Kirche und dem restaurierten Chor entfernt und die Krypta rekonstruiert. Höhepunkt der Renovierungsarbeiten war die Inbetriebnahme der neuen Orgel aus der Werkstatt des dänischen Orgelbauers Marcussen im Jahr 1966.

Zahlreiche Grabplatten und Wappenschilde sind im Lauf der Zeit verloren gegangen. Bei den jüngsten Instandsetzungsarbeiten wurden beschädigte Grabsteine wiederhergestellt und sind weitere Gräber hinzugekommen.

An einer Säule in der Kirche befindet sich eine Gedenktafel zu Ehren von Jacob Cats. Sie markiert die Stelle, an der der niederländische Staatsmann und Dichter am 17. September 1660 beigesetzt wurde. Auch Daniel Gabriel Fahrenheit, der 1736 in Den Haag verstarb, fand in der Klosterkirche seine letzte Ruhestätte. Der polnische Physiker wurde durch die Erfindung des Quecksilberthermometers und die nach ihm benannte Temperaturskala weltberühmt. Ihm zu Ehren hat der polnische Botschafter 2002 in der Kirche eine bronzene Gedenktafel enthüllt.

Heute wird die Klosterkirche von den aktiven Mitgliedern der Hervormde Kerk, der größten protestantischen Kirche der Niederlande, genutzt. An jedem letzten Sonntag des Monats finden hier Kantatengottesdienste unter Mitwirkung des Residentie Kamerkoor und des Residentie Bachorkest bzw. Residentie Bachkoor statt. Solisten, Chor und Orchester stehen unter Leitung von Jos Vermunt. Jeden ersten, dritten und gegebenenfalls fünften Mittwoch des Monats organisiert die Stiftung Kunstzentrum Klosterkirche ein Matineekonzert.

Besonderen Dank an H. Berndt